Tal cual lo haces .. desde tu formulario generas un par de arrays de mismo indices.
Pero .. a tu input del checkbox .. asingale por ejemplo el ID que corresponde de tu BD:
Código PHP:
echo "<input type=\"text\" name=\"cantdes[]\" maxlength=\"3\" size=\"2">";
Código PHP:
echo "<input type=\"checkbox\" name=\"seleccion[]\" value=\"".$row['ID']."">";
Debes recorrer bajo un bucle for() esos dos arrays en paralelo:
Código PHP:
for ($i=0; $i <= count ($_POST['seleccion']); $i++){
$sql="UPDATE tabla SET cantidad=cantidad-'".$_POST['cantdes'][$i]."' WHERE ID='".$_POST['seleccion'][$i]."'";
// ejecuta tu consulta $sql ...
}
Y así si tuvieras más "array's" paralelos generados ... Se cuentan los elementos de uno de ellos (se suponen que todos tienen el mismo tamaño) y de ahí lo recorres con el bucle aplicando el mismo indice a todos.
Por cierto .. no es necesario que hagas una consulta SQL para obtener el valor de un campo para luego operar con el en un "Update" .. puedes usar la sintax SQL que te propongo: campo=campo+$valor
Un saludo,