No se entiende que es lo que sale mal... si "sale en otra pagina" es un problema con la definicion del TARGET en el link, por ende, es problema de HTML y no de PHP. Si no es esto perdon, pero no te entendi.
Por otra parte, te recomiendo usar una forma mas efectiva para llamar tus modulos, algo asi:
Código PHP:
...codigo HTML
<tr>
<td width="143" valign="top"><?php include('enlaces.php');?></td>
<td width="490" valign="top">
<?php
switch($_GET["modulo"]) {
case 'contenido':
include("modulos/contenido.php");
break;
case 'otromodulo':
include("modulos/loquesea.php");
break;
default:
include("modulos/el_home_del_sitio.php");
break;
?>
</td>
<td width="143" valign="top"><?php include('banner.php'); ?></td>
</tr>
...sigue el HTML
Esto es mas seguro puesto que VOS definis los modulos validos... de la otra forma cualquiera pone index.php?modulo=configuracion y te va a cargar un archivo no deseado (configuracion.php).
Saludos.