Consejos para PHP y MySQL

[xLinux]

Hola amigos, necesito de sus consejos y comentarios, pues tengo una aplicacion hecha en php y resulta que se esta volviendo cada vez mas lenta porque hace consultas SQL en MySQL, de mas o menos 5,731 registros en unas tablas, y el campo promedio es de 3 a 15 campos, que podria hacer para que sean mas rapidas, utilizo tablas tipo innodb, por su seguridad claro; debo de cambiar de motor a mysam???, tambien utilizo campos null, por eso seria tambien lento??, pues no quiero mudar a otro gestion de base de datos, pues lo tengo en linux, o habria que modificar o configurar bien a lo maximo mi server mysql????, o el servidor apache???, o el php???, que debo hacer, o me aconsejarian??, porfavor esto me ayudarian lo que trabajaron con inmensas base de datos, creo que alli si me podrian comprender a lo que quiero.

Ya hice lo que me aconsejaron en paginar mis resultados, y todo lo demas, pero al momento de hacer una consulta y mostrarlos en una lista como que se para el servidor o el php pues me dice que el tiempo de ejecucion ha expirado, ya le aumente a 90 segundos, que mas puedo hacer???.


Les estare enormemente agradecido a sus comentarios.


Un inmenso Saludo.
xLinux