No he utilizado ese programa que tienes, pero si éste graba de cualquier fuente de audio que se genere en tu equipo, creo que funcionará igual para uno que para tres o más voces a la vez. Nada pierdes con hacer la prueba.
Hay otra alternativa si ésto no funciona, utiliza algún programa de edición de audio (SoundForge ó Audition), activale el monitor de grabación, y verifica que en las opciones de grabación del control de volúmen, esté seleccionado el tipo de fuente de audio que vas a monitorear. Lo guardas en el formato que deseas, y listo.
Bye...