ten cuidado con las comillas ..
Código PHP:
echo "<td><a href=\"borrar.php?rut=".$row['rut']."\">Borrar</a></td></tr>";
parece que el uso que hacías el link que generabas a borrar.php era hacia \borrar.php .. eso dice "desde la raíz" de ese servidor y seguro que ahí NO tienes ese archivo .. sino . (punto) (donde estás).
Un saludo,