Sí, es posible... y no es necesaria abrir una nueva conexión sí tu BD esta en el mismo servidor (ve lo que dejé antes).
... la cuestión es que la query que va a ejecutarse sobre la última BD que hayas seleccionado. En tu código, si quisieras volver a consultar sobre "BD" tendrías que volver a hacer un mysql_select_db()... pero como dije antes, tienes la función mysql_db_query() para especificar la BD en la cuál ha de ejecutarse la query. Por ejemplo, podrías hacer algo como:
Código PHP:
mysql_connect("..."); // te conectas a MySQL
mysql_select_db("BD"); // la BD sobre la cuál vaz a trabajar
$consulta= mysql_query("...."); // a ejecutarse sobre "BD"
$consulta2= mysql_db_query("BD2", "...."); // una "consulta especial" que ha de hacerse sobre "BD2"
$consulta3= mysql_query("...."); // sobre "BD"...
Un saludo!