Con Sudo (
http://www.courtesan.com/sudo/) podrías cambiarte de usuario por línea de comandos desde cualquier otro usuario.
Si tienes problemas al respecto o buscas otro comando Linux .. mejor consulta en el foro de Linux. Lo que es "PHP" ya sabes hacerlo (usando las funciones Shell_exec() .. system() .. exec() o equivalentes).
Un saludo,