Pero .. OJO .. el archivo vía PHP va a subir desde tu navegador a tu servidor (donde corras PHP) en principio por HTTP.
Por ende te hace falta saber como hacerlo:
http://www.php.net/manual/en/features.file-upload.php
Luego, si el archivo en sí ha de quedar en ese servidor (en el que corre PHP) o no .. ahí será necesario que uses funciones de FTP o ni tan siquiera te harán falta (caso de que tus archivos queden en el mismo servidor que corre PHP y tus scripts).
Un saludo,