Para subirlos usa la funcion move_uploaded_file en
http://es.php.net/manual/es/function...oaded-file.php tienes una explicacion de su funcionamiento , despues guarda los datos del archivo(nombre, extension y localizacion) en una base de datos, desde donde generaras el listado, espero que esto te haya ayudado, si no pide mas informacion.
Saludos.