A la pregunta 1:
Código PHP:
<?php
chmod("/directorio/archivo", 0755);
chmod("/directorio/archivo", 0777);
?>
Lo puedes ver en
http://es.php.net/manual/es/function.chmod.php
A la pregunta 2:
Esto depende del hosting (si lo permite o no) y del FTP que uses (si incorpora esta función o no).