Gracias jpinedo, tu código me ha servido para intuir el problema aunque éste tenía algún error.
Mi problema ocurría porque si estando en el directorio /raiz quiero leer los subdirectorios de /raiz/subdir tenía que añadir el directorio /subdir a los ficheros/directorios.
Ej: (estando en /raiz)
Código:
is_dir( "subdir/".$fichero )