Puedes usar la classe:
http://phpclasses.nlared.com/browse/package/2495.html
(no la he probado .. en tal caso hay más classes para trabajar con Zip en el mismo sitio).
Para descomprimir tu Zip en el servidor .. Es decir "sólo" no se va a descomprimir tu archivo .zip .. pero si que en el proceso que subes tu archivo (supongo que por un formulario HTTP con su campo "file") ahí .. en su proceso, aplicas el uso de esta classe al archivo que subistes.
Un saludo,