Desde PHP .. puedes usar las funciones IMAP para acceder a tus cuentas de correo creadas en tu servidor IMAP/POP
www.php.net/imap
Sobre el tema de crear más carpetas en tu servidor IMAP ya sean para el usuario o públicas, .. o incluso crear nuevas direcciones de correo en tu servidor .. depende de como gestiones tus cuentas/dominos .. si son virtuales gestionados por una BD (Mysql por ejemplo) es simple vía PHP acceder a esa BD para crear un registro o interactuar con el = crear una dirección de correo. Pero, si usas cuentas de correo como usuarios del sistema .. PHP no tiene acceso a ese nivel (se puede vía PHP ejecutar comandos en la "shell" del S.O. pero hay que tener en cuenta muchos detalles + no es seguro)
Un saludo,