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Sobre que es "mejor" .. pues .. las cookies existen para determinados própositos .. lo mismo que las sesiones.
Si tu piensas mantener un dato por mucho tiempo .. permitir a tu usuario que salga de tu aplicación y cuando entre nuevamente poder permitir seguir usando esos datos que almacenastes: usa una cookie.
Si necesitas seguridad y los datos sólo los vas a usar mientras el usuario esté en tu sitio visitandolo: usa sesiones.
Un saludo,