Lo que sucede es que PHP se puede instalar bajo cualquier servidor HTTP en modo CGI (es que lo que supongo que te ha quedado al usar el "instalador" de PHP para windows y "siguiente" .. "siguiente" ...)
Así puedes instalar PHP como CGI bajo Apache, IIS, Xitami y muchos otros servidores HTTP (hablando en windows).
El "phpXisapi.dll" es la librería que usa PHP para dejar a PHP instalado como "módulo" de un servidor HTTP .. Siempre lo he visto funciona así y de hecho funciona mejor (más óptimo) Apache y PHP como módulo de este usando la .dll mencionada.
Ahora que veo en la documentación de php.net .. IIS se puede ejecutar tambien como "módulo" (ISAPI):
http://www.php.net/manual/en/install.windows.iis.php
Ahí se dan unos pasos bien concretos sobre el tema de permisos y demás a esas .dll .. Lo has probado?
Editado:
Este tutorial te puede interesar, se explica ambas instalaciones CGI y como ISAPI además que se explica un poco en que consiste cada tipo de instalación:
http://www.macromedia.com/devnet/dre...s/php_iis.html
Por cierto .. OJO que la vesión "installer" de PHP no suele (hace tiempo que no la veo) las extensiones (GD, etc .. "php_xxxx.dll") que vienen en el "zip package".
Un saludo,