Si hombre, al final lo he hecho así:
Código PHP:
$archivo = file($path.'dominios.txt');
$lineas = count($archivo);
for($i=0; $i < $lineas; $i++){
$var = $archivo[$i];
$explo = explode("\n", $var);
$domi_clean = $explo[0];
La variable $domi_clean ya contiene el nombre limpio sin el salto de linea, mas sencillo no?
Saludos