Bueno, no es exactamente igual pero debería funcionar igual.
Prueba esto en un documento nuevo (para que veas que debiera funcionar por sí sólo)
Código:
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
<html>
<head>
<title>Documento sin título</title>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<style type="text/css">
#pepe{
width: 100px;
height: 100px;
background-color: #ff0000;
margin-left: auto;
margin-right: auto;
}
</style>
</head>
<body>
<div id="pepe">blabla</div>
</body>
</html>
Eso deberías de verlo centrado. Si aplicando lo mismo a tu documento no te lo centra debe de haber algo que está interfiriendo.
¿se puede ver en marcha? ¿lo tienes en algún server?