Vale!! ahora entiendo mejor lo que te pasa mir asi no peudes cambiar el css haz lo siguiente en el HTML
<div id="content"
style="position:relative;">Contenido de la pagina</div>
<div id="footer">Pie de pagina</div>
Asi le decimos a la capa de contenido que sea relativa. Como el estilo que prevalece es el mas cercano(en este ccaso aplicado al mismo objeto) la posicion la tomara relativa que es lo que tu querias.
SALUDOS