Un salto de línea textual no es un salto de línea para HTML... así como los espacios tampoco representan nada. Tu información es guardada bien (guardas texto), lo que no haces es "traducir" ese texto a HTML... ve tu código fuente.
Para pasar los saltos de línea textuales (\n) por la etiqueta HTML que representa un salto de línea (<br>) tienes la función
nl2br(). Utilizala al momento de mostrar los datos (no al guardar...), es lo más óptimo.
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