Pero insisto (o mejor dicho .. confirma) ..
Tu que dispones en tu servidor (usas un servicio de hosting? ..) .. tienes instalado un panel de control de adminitración del sitio con cPanel (
www.cpanel.com) o equivalente?
O usas un servidor dedicado tuyo?
Todo esto es para decidir que método necesitas usar .. Por qué .. por ejemplo en un servicio de hosting común .. no puedes usar un exec() por ejemplo para configurar directamente un Cron Job (que sería lo más "limpio") ... En esos casos, lo que se suele hacer es "atacar" al script (CGI/etc) de cPanel (o panel de control equivalente) desde PHP .. es decir, tu creas tu interface -> proceso PHP y de ahí al script de cPanel que corresponda (con su autentificación por médio necesaria).
Un saludo,