Usa la función:
urlencode()
www.php.net/urlencode Código PHP:
<a href=javascript:window.external.AddFavorite('http://www.DOMINIO.com/PAGINA.php?id=".$row["id"]."','".urlencode($row["nombre"])."');><img src=img/favorito.gif width=28 height=27 border=0></a>
Veras que los espacios en tu "nombre" se convierten en %20 (podrías usar también rawurlencode() que los convierte a + si mal no recuerdo) ..
Un saludo,