Genera un array y lo ordenas.
Donde ahora harás un "echo $nombre_archivo" .. o algo así (podrías colocar tu código!) ... genera un array tipo:
$archivos[]=$nombre_archivo;
Y lo ordenas con sort() o alguna función equivalente de las que PHP usa para trabajar con array:
www.php.net/array
Por último recorres ese array con un bucle (foreach() por ejemplo) para mostrar tus archivos ya ordenados con el código HTML que lo "adorne" para presentarlos.
Un saludo,