Bueno el tema no compete a PHP, así que te responderé rápidamente antes que posiblemente te muevan para otro foro el tema plantiado
bueno es muy fácil, primeramente debes de colocarles nombres a cada frame fíjate bien en este ejemplo :
Código HTML:
<iframe name="Nombre_del_Frame">
y luego colocas usas esto para los enlaces
Código HTML:
<a target="Nombre_del_Frame" href="pagina.php">Link</a>
Saludos.-