Eso es normal que ocurra. Es como si en el html pones:
Te saldrá evidentemente:
Hola hola
En cambio si pones...
Te saldrá:
Hola
hola
En php hay una función que añade a los saltos de linea un <br>.
Código PHP:
<?
$variable="
Hola
hola
";
echo nl2br($variable);
?>