Realmente "Smarty" en el fondo es un "código PHP" más cualquiera, lo puedes isntalar donde quieras, lo único que tienes que hacer es "decir" en la configuración de Smarty donde se encuentra todo lo que este usa (plantillas y demás).
Fijate en la configuración básica:
Código PHP:
<?php
// put full path to Smarty.class.php
require('/usr/local/lib/php/Smarty/Smarty.class.php');
$smarty = new Smarty();
$smarty->template_dir = '/web/www.domain.com/smarty/templates';
$smarty->compile_dir = '/web/www.domain.com/smarty/templates_c';
$smarty->cache_dir = '/web/www.domain.com/smarty/cache';
$smarty->config_dir = '/web/www.domain.com/smarty/configs';
$smarty->assign('name', 'Ned');
$smarty->display('index.tpl');
?>
Sólo tienes que cambiar la ruta donde tienes Smarty.class.php (con ruta absoluta recomendable) y las rutas de los *_dir (siempre con rutas absulutas).
Para obtener la ruta absoluta puedes usar_
$_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] y de ahí tu ruta própia donde instales Smarty
Un saludo,