Un iframe es un frame pero que llama a otra web. Su utilidad principal es insertar en la página contenidos que son ajenos (si utilizas un iframe para meter páginas tuyas, para eso puedes usar un frame).
En resumidas cuentas, yo diría que ambos son "ventanas" en tu web, que un frame es para páginas que hay en tu sitio, y un iframe para las que están en otros sitios.
Sin embargo, he visto muchas webs que utilizan iframes para presentar páginas que están en el mismo sitio, ya que el iframe tiene algunas variables que no tienen los frames, pero básicamente, vienen a ser lo mismo.
-sobre lo del javascript, no te puedo ayudar, pero pregunta en el foro javascript (antes busca en las FAQ) y seguro que encuentras la respuesta-
