en tu ciclo estas leyendo 2 veces por cada interaccion:
Código PHP:
while ($linea= fgets($fp,1024)) //aqui ya leiste
{
$linea = fgets($fp,1024); //remueve esta linea y debe funcionar
echo "la lines es ".$linea."<br>";
}
o puedes usar esta
http://www.php.net/file