En principio tienes lo que llaman "ofuscadores" que no hacen más que complicar la lectura del código ...
Pero lo más seguro es que uses sistemas como:
ioncube
www.ioncube.com
Zend Safe Guard
http://www.zend.com/store/products/z...uard-suite.php
Y varios más que tienes en el mercado. Fijate bien en las condicones de uso, muchos requieren de algo instalado en el servidor para funcionar.
Un saludo,