Desde PHP directamente se haría ineficiente un sistema así, ten presente que implica abrir un "PDF" o un "Ms WORD" o una presentación PowerPoint .. Ese tipo de "documentos" no son texto plano .. así que buscar en ellos y que no se confunda entre lo que podría ser una sentencia o comando de ese documento (que informa cosas como tipografía y otros detalles de control) con el texto en sí: contenido al ser PHP "interpretado" podría tardar mucho tiempo en "parsear" un documento cualquiera de esas características.
Lo que se suele hacer en PHP es tener una aplicación externa que haga dicha taréa ... instalada en el servidor y desde PHP tan sólo creas una "interface" para esa aplicación que normalmente aceptará llamada a cierta aplicación por línea de comandos y retornará sus resultados de busquedas de alguna forma: XML?, texto plano con cierto formato? .. dependerá de cada aplicación.
Por ejemplo podría ser:
http://www.wrensoft.com/zoom/
(se integra con PHP .. bajo windows)
Tendrías que asegurarte que S.O. usas en tu servidor y si puedes instalar aplicaciones en el .. (en un servicio de hosting no podrías usar estas técnicas por ejemplo).
Un saludo,