Si, .. en principio tienes las "capas de abstracción de BD" como por ejemplo:
ADOdb, ezSQL .. etc (usa google .. veras su páginas oficiales rápido).
Eso te permite entre otras cosas hacer tu código PHP independiente de la BD que tu apliación use, podrías alternar sin grandes cambios entre usar Mysql, SQL server y otras BD.
No sé si esto es lo que pretendes .. pero es para tenerlo encuenta.
Sobre el hecho de tener cierta función tuya (o classe) que haga cosultas SQL que entreguen datos para que tu aplicación los maneje .. es cosa de que lo hagas simplemente.
Perfectamente puedes tener funciones/métodos que le pases el SQL a ejecutar y te devuelvan un "array" por ejemplo del resultado, así script's tuyos para "presentar" esos datos no cambiarían si tu optimizas tu sentencia SQL o incluso la cambias por completo. Pero esto ya es cosa de estructurar tu aplicación y ver que "consultas" SQL haces comunes en várias partes de tu aplicación .. en definitiva crear "métodos" tipo "dame datos clientes", "dame dato usuario", "dame factura (que a su vez llama a "dame dato cliente" ... " .. y ya lo usaras donde lo requieras ...
De hecho verás muchas utilidades de este estilo hechas en sitios como:
www.phpclasses.org (sección "Databases")
Un saludo,