Se ven varios errores, tanto logicos como de programacion.
Pro ejemplo.
Código PHP:
if (oper<7){
if (oper==7){
System.out.println("Gracias por utilizarme");
break;
}
Registro[] miAgenda = new Registro[3];
for(y=0; y<3; y++){
miAgenda[y] = new Registro();
}
Si ya pregunateste si oper es menor que 7. Para que preguntas adentro si es igual a 7? no tiene sentido.
Por otra parte ese break dentro del if esta de mas, pues solo ara que termine ese if que de hecho ya termina al cierre de la llave de cualquier forma, y asi con todos los break que hay hacia abajo.
Segundo
Esa instruccion no hara lo que quieres, pues los ++ estan separados de la variable y deben ir juntos para que esta se incremente.
Tercero
Código PHP:
for(y=0; y<contap; y++){
miAgenda[y].imprime();
}
Al momento de llegar a esa instruccion la variable contap sigue valiendo cero, por tanto no esta entrando jamas al cuerpo del for.
Asi hay muchoas otras cosas que estan mal empleadas, pero ya nos dijiste que seria normal pues eres muy novato, peroe so es lo principal. Espero te ayude.
Saludos