El problema que tienes es que hablas de "checkbox" que seleccionas y de otros datos anexos que viajan en "paralelo" con estos.
No indicas el código completo que usas .. pero es en el "checkbox" donde debes propagar el dato que identifica como único a tu registro: el "id_ruta" en tu caso al parecer .. Y todo lo demás anexo relacioando a este como gustes en campos hidden o donde correspondan.
Código PHP:
<input type="checkbox" name="id_ruta[]" value="<?=$ds["id_ruta_documento"]?">
Si generas mas de un array de esta manenar (name="algo[]") de campos de un formulario HTML, lee Los que seleccionastes relacionados con un bucle for() tal cual te comenta DjNelson usando el mismo indice para todos los arrays "paralelos" que has generado desde tu formulario ..
Código PHP:
for ($i=0;$i<count($_POST['id_ruta']);$i++) {
echo $_POST['id_ruta'][$i];
echo $_POST['otro_dato'][$i]."<br>";
}
Siempre toma como base el "array" que generas en el checkbox por qué -sólo- los checkbox que seleccionas pasan a tu script de proceso al enviar tu formulario.
Un saludo,