Por si alguien tuvo el mismo problema que yo, encontré en este foro la siguiente url, el script utiliza el motor del cPanel para crear subdirectorios. Creo que es lo que estube buscando, lo testeo y cuento.
De todas maneras creo que lo voy a tener que modificar para que al agregar un usuario nuevo en mi base de datos me cree automaticamente un subdirectorio...
http://www.gmtt.co.uk/details.php?file=13