Permission denied en exec command

[GJMLINUX]

Estimados, tengo un problema que no puedo solucionar y me estoy volviendo loco. Tengo un software estadístico "R" instalado en /usr/local/R con permisos 777 y root:root , a su vez tengo instalado un apache todo configurado... en teoría ok. El tema es que cuando corro desde la página un comando batch para el soft R con el comando exec($command,$output,$return) me tira en el error_log sh: /usr/local/R... Permission denied. Si corro el mismo comando $command desde el shell con el usuario apache (que es el usuario del httpd) me lo corre perfecto, donde puede estar dando Permission denied ? puse casi todo el disco en chmod 777 suponiendo que había alguna libreria o algo, pero sigue dando el mismo error.
Si alguien me puede ayudar se los voy a agradecer.

saludos