Pero .. entonces necesitarias usar Base de datos, armar tu "modelo de datos" en función de los datos que gestionas: facturas, clientes .. etc, ver que relaciones guardan esos datos para diseñar tu "modelo de datos" con las tablas que lo compongan, relación entre ellas .. etc.
Por último usaras PHP para "hacer consultas" a ese "modelo de datos" vía lenguaje SQL y PHP para mostrar/administrar desde tus páginas.
Te recomiendo ir leyendo sobre Base de datos (enfocado a Mysql que supóngo que será la que uses):
www.mysql-hispano.com
Si tienes dudas en esa fase, usa el foro de "Base de datos" .. PHP siempre está en estos casos en última instancia. Debes aclarar antes que "Base de datos" necesitas, sus tablas .. etc, y definir las sentencias SQL (Lenguaje estructurado de consultas) que necesitaras para extraer o adjuntar datos a ese "modelo".
En fin ... empezastes (preguntando en el foro de PHP) por el final.
Un saludo,