Tienes que agregar la variable al final de la URI, después de un "?" y conctenando (si van a ser varias) con un "&". Te quedará algo así: tusitio.com/archivo.php
?variable=valor&variable2=valor2
... en tu código sería algo como:
Código PHP:
echo "<a href=\"index2.php?comercio=$comercio\"> $comercio </a>";
y recojes con $_GET['variable']. Para la URI que dejo como ejemplo (donde se pasan 2 variables) sería:
Código PHP:
echo $_GET['variable']; // recupera "valor"
echo $_GET['variable2']; // recupera "valor2"
para tí (el código que "adapto") sería
$_GET['comercio'].
www.php.net/variables.external 
PD: Por favor, no repitas temas. Reviza las políticas del foro.