Yo creo que lo mejor es que recodifiques toda la pelicula, asi te evitas este problema.
CBR es bitrate constante, y VBR es variable, en el tmpgenc donde se selecciona el bitrate, te da estas opciones, en el apartado "Rate control mode". Lo mejor es que saques los datos de los archivos, mires en qué se diferencian, y eso es lo que toca cambiar. Pero repito que si no quieres problemas, recodifica todo el vídeo y listo.
