Indica el código que usas .. tal vez en ese simple uso de dicha función ahí tengas el problema por error u omisión de algo.
También recuerda que si usas $_FILES para tomar el archivo que sube por médio de PHP .. puedes hacer:
Código PHP:
echo "<pre>";
print_r($_FILES);
echo "</pre>";
Y así verificar concretamente que contiene (información) sobre el archivo que subes y detecta PHP ..
Ahora . .también sería recomendable que concretases "donde no ves esa extensión" .. o como pretendes ver esa extensión. No sea que estás viendo esos archivos desde el Servidor o cliente que no permita ver extensiones directamente (como hace windows si no le indicas expresamente que quieres ver las extensiones de los archivos).
Un saludo,