Creo que me iria por el OS, la verdad hace años tuve el mismo problema con una imac, independientemente de tener instalado el php, cuando diseñaba en mac, al guardar archivos de freehand, este los guardaba sin extensión, sin embargo, reconocia el tipo de archivo. Al trabajar con windows tenia que renombrarlo agregandole la extension.fh11 ...
Espero que esta liga aclare tus dudas, habla algo sobre lo que tu mencionas:
http://cit.ucsf.edu/webct/viewfileextensions.php