Cita: A mi solo se me ocurre (por proponer alguna manera de solucionar...) poner los archivos en un directorio por encima del público (inaccesible por web)
Sería eso lo que se hace .. pero nada de "copiar" el archivo temporalmente a algún sitio .. sino tu script PHP sería el que entregue el archivo leyendolo por ruta absoluta (/var/home/sitio.com/archivos .. siendo el "public_html" en: /var/home/sitio.com/public_html donde apunta el "DOcumentRoot" y quedaría disponible todo lo que ahí aparezca por
http://www.sitio.com/nose.tal ...)
Nó sé si tu tienes la misma situación que el amigo
manuel_mad .. con dos sitios y ejecutables (scripts.php) en uno .. y archivos en otro .. Pero, si quieres implementar esta "comunicación" segura entre ambos .. deberías correr un script para descargas en el servidor que contenga los archivos para controlar autentificación y demás.
Un saludo,