Cita: Es tomar dicha carpeta y pasarla a otra ruta...............esto se puede hacer? cual es la funcion que he de utlizar?
Si, se puede hacer .. pero no por una función sólo de PHP sino combinando várias para obtener la tuya própia.
Ejemplos tienes en los comentarios de los usuarios de PHP.net en:
En base a copy() y recursividad:
http://www.php.net/copy (funciones para copiar directorios enteros con sus archivos y recreando en destino la misma estructura que tengas en origen de directorios).
En base a rename() y recursividad:
http://www.php.net/manual/en/function.rename.php (para mover directorios completos)
Cita: Pueden crearse a partir de una ruta relativa de la pagina?
Realmente la ruta que indicas en funciones como mkdir() y afines son rutas Absolutas. De todas formas puedes usar los "../" para ir "subiendo" una rama por la estructura de directorios de tu servidor o varias.
Por otro lado tienes variables como $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] que te dán la ruta absoluta hasta tu "raiz" de tu sitio para usarlo como base y a partir de ahí componer el resto de tu ruta independiente de donde o en que servidor esté instalado tu aplicación.
Un saludo,