El nombre del checkbox .. del estilo "nombre[]" no es una variable de PHP ni algo que tenga que salir de PHP como lo haces .. simplemente usa:
Código PHP:
<td height="20"><input type="checkbox" name="boton[]" value="<?php echo $row['Id_usuario']?>"></td>
El borrado que haces usando IN() de SQL y un bucle si bien funciona . .no es correcto .. fijate en estos ejemplos de esta FAQ:
http://www.forosdelweb.com/showthrea...710#post518710
Para saber si tienes algún checkbox seleccionado desde PHP . .debes conocer que -sólo- a tu script PHP pasan los valores de los checbox seleccionados .. que pasan como un "array" (por eso usas un foreach() para recorrerlo) así que puedes usar funciones de array como count() para contar sus elementos y .. si no tienes mas de 1 (creo que si hay sólo un checkbox marcado no devuelve un array sino una variable simple .. en ese caso puedes combinar el uso de is_array() con todo esto) ... ahí validas.
Un saludo,