Como debbuger independiente del IDE que se use:
DBG Debugger
http://dd.cron.ru/dbg/
Funciona con algunos IDE's para PHP como Maguma, y algunos más que ahí menciona. Dispone de dos partes una "servidor" (que es una extensión que añadir a PHP) y otra "cliente" (que es el enlace con el IDE que usemos).
El problema que tienen estos depuradores si se desarrolla PHP orientado a la web es cuando se empiezan hacer redireccionamientos .. y cosas por el estilo .. ahí se cumplica la depuración. Es decir .. para un script sólo con una lógica compleja va muy bien .. pero no sé que tan buenos resultados obtendrán cuando empiezen a depurar no sólo "scripts" sueltos sino "aplicaciones" que van saltando de un script a otro redireccionando .. etc ..
Un saludo,