mira prueba esto y te daras cuenta de lo que pasa..
Código PHP:
<?php
//seteamos la fecha de inicio
$registro["comienzo"]= strtotime ("now");
//paro el script 3 segundos para medir comprobacion,..
sleep(3);
//seteamos fecha de fin
$registro["final"]= strtotime ("now");
//la resta...
$tiempo=strtotime($registro["final"])-strtotime($registro["comienzo"]);
//mostramos...
echo "Inicio: ".$registro["comienzo"]."<br>";
echo "Fin: ".$registro["final"]."<br>";
?>