Debes respetar las comillas que HTML impone:
Código PHP:
<a href="principal.php?ids=3" target="_top">listado</a>
Cita: pero dentro del if no pudeo capturar esta variable $ids
a que te refieres con eso? .. indica el código completo que uses tanto de tu página principal donde está la llamada a tu iframe como la del código del script que llamas en el iframe. (indica expresamente los nombres completos de las páginas/scritps que pongas su código).
Un saludo,