El problema que tienes es que usas como "indice" del array generado en "id_equipos" el valor que deseas pasar al script PHP de proceso. Debes usar su "value" para definir ese valor.
El objetivo es que vas a generar un array correlativo de incice 0 a N con los "valores" de esos ID's ... no a n° de incides asociativos o numericos en esa posición exacta. Recuerda que sólo los checkbox que seleccionas son los que pasa al script de PHP .. los otros NO.
Código PHP:
name='Id_Equipos[]' value='$Id_equipos'>
Un saludo,