A veces sucede eso, .. es un problema de que se "resetea" tu contador por un problema de "concurrencia". Es decir, .. que el archivo alguien lo abrió cuando otro estaba escribiendo, eso lo detecta como que "no existe" y lo crea nuevo. Por eso se reinicia tu "contador".
Para solventar el problema deberías "bloquear" el archivo cuando escribas en el (o leas .. ahí ahora me estoy haciendo un lio) y desbloquearlo al final de tu proceso. Para eso puedes usar la función:
flock()
http://www.php.net/manual/en/function.flock.php
Un saludo,