Respecto al problema de las regiones la verdad es q no tengo ni idea. Pero si puedo decirte como lo hago yo.
Lo primero que hago es pasar los .avi a .mpg. Para ello suelo utilizar el TMPGEnc, pero hay mas alternativas.
Aqui puedes ver manuales para hacerlo con 3 programas diferentes.
Una vez tengo los .mpg que quiero meter en el dvd, lo que hago es utilizar un programa de auditoria de dvd para generar menus y la "estructura" del dvd (con las carpetas video_ts y audio_ts). En mi caso normalmente utilizo el TMPGEnc DVD Author. Hay otros como el DVDlab Pro, pero el que comente antes me parece mas sencillo la verdad.
Una vez hecho esto solo queda quemarlo con el nero mismamente y listo.