Pero el mecanismo es el mismo. Tu el include lo puedes poner donde quieras.
Si tu tienes un index.php con una estructura de tablas, en la celda de arriba le pones el include("cabecera.php"); y se carga el archivo cabecera.php en esa celda. Luego en la celda central puedes poner include("central.php); y asi sucesivamente.
Te pongo un ejemplo:
(hola.php)
<?
echo "HOLA";
?>
(index.php)
<table width="100%" border="1" align="center" cellpadding="0" cellspacing="0">
<tr>
<td height="52" colspan="3" align="center"><? include ("hola.php"); ?></td>
</tr>
<tr>
<td height="285" align="center"><? include ("hola.php"); ?></td>
<td align="center"><? include ("hola.php"); ?></td>
<td align="center"><? include ("hola.php"); ?></td>
</tr>
</table>
En este ejemplo tienes 2 archivos:hola.php y index.php
Creas el index con la estructura y luego mediante includes incluyes los archivos donde quieras. En este ejemplo si ejecutas index.php veras una tabla que pone HOLA en cada celda.
No se si te ha quedado claro. Si no, ya sabes ;)