No sé como desde PHP generas la llamada a tu "java" (es java o javascript? .. recuerda que no es lo mismo).
En principio sin saber que haces (podrías colocar el código involucrado), .. podrías usar la función utf8_encode() (o decode) a la hora de escribir el código que va a parar a tus rutinas java/javascript.
www.php.net/utf8_encode
Un saludo,